据历史学家考证，菲律宾群岛在远古时期并无人类居住，现今菲各民族均为不同时期由其他地区迁入的移民后裔。自旧石器时代（约25万年前）至后金属时代初期（约公元前200年），来自北加里曼丹、马来半岛、婆罗洲、中国南部等地的大批移民陆续迁入菲群岛定居，带动当地农业、手工业、商品贸易及航海技术均有发展。约公元前2世纪，菲群岛逐渐出现部落割据势力，部分区域出现早期国家形态。约公元10至14世纪，麻逸国（Ma-i）在民都洛岛（Mindoro Island）兴起。该国积极开展海外贸易，其商船曾到达中国广州等地。公元14世纪70年代，苏禄苏丹国（Sultanate of Sulu）崛起，一度成为东南亚重要的贸易中心之一。1417年，苏禄东王率团访华，在北京受到永乐皇帝隆重接待。

1521年3月，麦哲伦率西班牙远征队首次抵达菲律宾（萨马岛附近）。次月，麦哲伦在麦克坦岛（Mactan Island）与当地族群首领拉普拉普（Lapu-Lapu）的战斗中阵亡。1542年，西班牙探险家德·维拉洛博斯（Ruy López de Villalobos）到达菲群岛，以当时的西班牙王储（后来的国王费利佩二世， Philip II）之名，将这片岛屿命名为“菲律宾群岛”（Las Islas Filipinas）。1564年，西班牙征服者黎牙实比（Miguel López de Legazpi）奉费利佩二世之命，率队寻找菲律宾群岛。1565年，黎牙实比船队抵达宿务，利用大炮优势占领当地，建立西班牙人在菲的第一个永久性定居点，标志着西班牙殖民统治的开端。1571年，黎牙实比攻占马尼拉，建立西班牙殖民政府，并成为首任菲律宾总督。至16世纪末，西班牙基本完成对菲律宾大部分地区的侵占。然而，在棉兰老岛和苏禄群岛，遭到当地穆斯林（摩洛人，Moro）的持续英勇抵抗，始终未能完全征服这两个地区，当地的伊斯兰文化也得以保存。

西班牙殖民者的残酷统治激起菲律宾人民的激烈反抗，16至18世纪的300多年间爆发了200多次人民起义，给西班牙殖民统治沉重打击。19世纪后，西班牙逐渐衰落，在菲的殖民统治也摇摇欲坠。

19世纪后半叶，菲受欧洲启蒙思想和自由主义思潮影响，民族主义意识觉醒，民族解放运动开始兴起。1872年1月20日，约200多名海军船坞工人和士兵联合在甲米地发动起义（Cavite Mutiny），反抗西班牙殖民统治。此次起义虽遭残酷镇压，但被视为民族觉醒的重要催化剂。19世纪70至90年代，以黎刹（José Rizal）为代表的菲爱国知识分子发起宣传运动（Propaganda Movement）。他们通过创办报刊、向西班牙议会请愿等方式，揭露西班牙殖民当局暴政，呼吁在菲进行政治和社会改革。1892年，博尼法西奥（Andrés Bonifacio）在马尼拉成立秘密革命组织“卡蒂普南”（Katipunan），名为“名族儿女的尊贵协会”，明确主张通过武装斗争争取完全独立。1896年，“卡蒂普南”发动菲律宾革命（Philippine Revolution）。1897年，革命阵营内部发生分裂，保守派领袖阿吉纳尔多（Emilio Aguinaldo）解散“卡蒂普南”，成立临时革命政府，同时下令逮捕并处死博尼法西奥。11月，阿吉纳尔多在“破石洞”（Biak-na-Bato）成立“破石洞”共和国（Republic of Biak-na-Bato），并自任总统。然而仅一个月后，阿即与西班牙殖民当局签署和平协议，同意解散革命政府，停止武装斗争，以缴械流亡换取金钱补偿和改革承诺。阿与同伴随即流亡香港，但西班牙当局承诺并未兑现。

1898年，美西战争爆发，阿吉纳尔多在美国协助下返菲，重新领导反西斗争。6月12日，阿吉纳尔多宣布菲律宾独立，成立菲律宾共和国，并再度出任总统。但美国企图取代西班牙，计划抢先占领马尼拉，并甩开菲律宾与西班牙谈判。12月10日，美西签订《巴黎条约》（Treaty of Paris），西班牙将菲割让给美国，遭到菲人民激烈反抗。1899年，美军阻止菲军进入马尼拉引发冲突，菲美战争爆发。1901年，美军俘获阿吉纳尔多，阿随即宣誓效忠美国，并再次呼吁同胞停止抵抗。同年7月4日，原美国法官塔夫脱（William Howard Taft，后当选美国第27任总统）就任首任美驻菲总督。1902年，美国国会通过《菲律宾组织法》，确立美对菲统治的基本框架。但各地反抗运动一直持续到1903年，战争中至少有1.6万菲士兵死亡，另有约20万平民被夺去生命。

为巩固殖民统治，美国在镇压菲反美浪潮的同时，也实施了一些政策扩大菲自治权。1916年，美国国会通过《琼斯法案》，承诺未来给予菲独立，并规定成立由选举产生的菲参众两院，但行政大权仍掌握在总督手中，高法院长由美国任命。1934年，美国国会通过《泰丁斯-麦克达菲法案》，允许菲经过十年过渡期后独立，期间建立菲自治政府，并通过民选的宪法会议制定自治宪法，外交权仍属美国，但菲人民强烈要求立即完全独立，并发起“斯达克党人”起义遭血腥镇压。1935年，菲举行第一次国民选举，参议长奎松（Manuel Luis Quezon）当选菲自治政府总统。1939年，菲举行第二次国民选举，奎松再度当选总统。

1941年12月8日，日本偷袭珍珠港10小时后，日军空袭菲律宾的美军基地。11日，日军在黎牙实比登陆，随后对马尼拉展开猛烈轰炸。1942年1月2日，马尼拉陷落。不久后，美军总司令麦克阿瑟奉令撤往澳大利亚。奎松总统等自治政府高官经澳大利亚撤至美国，建立流亡政府。1943年10月，日本占领当局扶植成立傀儡政权，任命何塞·劳雷尔（José Paciano Laurel）为“菲律宾共和国”“总统”。面对日军的残暴统治，菲各界人士广泛开展抵抗运动。其中，菲共领导的“人民抗日军”在吕宋中南部坚持游击战，持续抗击日军。由在菲华侨组成的菲律宾华侨抗日游击支队与菲人民同甘苦、共患难，先后转战菲14个省份，作战260余次，歼敌2000余人，积极推动菲抗日运动。1943年，美军开始反攻。1944年8月，奎松总统在美国逝世，副总统奥斯敏纳（Sergio Osmeña）接任总统。10月20日，麦克阿瑟率美军在莱特登陆，奥斯敏纳随同返菲。1945年，美军收复马尼拉。同年，日本宣布无条件投降，美恢复对菲全境的控制。

二战结束后，美被迫同意菲独立。但仍把菲作为其民主试验品，植入美式政治模式和思想体系，并牢牢控制菲经济命脉，同时在军事上将菲变为美在亚洲推行侵略扩张的前沿战略基地。1946年4月23日，菲自治政府举行最后一次选举，罗哈斯（Manuel Roxas）在美支持下当选总统。7月4日，菲律宾共和国宣告独立，罗哈斯就任总统。然而，罗哈斯政府迫于美国压力，与美签订一系列不平等条约，使美长期掌控掌控菲经济命脉。1948年，罗哈斯因病去世，副总统季里诺（Elpidio Quirino）接任总统。1949年，季里诺赢得选举，再度就任菲总统。

1953年，前防长麦格赛赛（Ramon Magsaysay）在美国支持下高票当选总统。麦政府在国内推行土地改革，在外交上奉行亲美政策，并先后派兵前往朝鲜和越南战场参战。1957年，麦因飞机失事遇难，副总统加西亚（Carlos P. Garcia）接任总统。加政府实行经济紧缩政策，并推行强调民族经济的“菲人第一”政策，菲国内经济困难和社会矛盾得到一定缓解。

1961年，获美国支持的反对派核心人物马卡帕加尔（Diosdado Macapagal）当选总统。马政府推动土地改革立法，取消外汇管制，外交上主张“回到亚洲”政策，寻求更独立自主的立场。1962年，马政府宣布将菲律宾独立日由7月4日（与美国独立日相同）改为6月12日（纪念1898年菲摆脱西班牙殖民统治宣布独立的日子）。

 1965年，马科斯（Ferdinand Edralin Marcos）当选菲总统。在其执政最初两年中，政府在澄清吏治、抑制贪污和打击走私方面卓有成效，但发展经济的计划受到资金短缺的困扰。后在东南亚民族解放斗争及国内民族主义浪潮高涨的影响下，马调整对外政策，逐渐摆脱美国的控制和影响，寻求在国际事务中发挥更积极作用，并摒弃了过去20年间不与社会主义国家来往的政策。1969年马连任总统后，菲再度面临严重的经济困难和社会动荡，南部叛乱及菲共武装斗争加剧，统治集团内部矛盾激化。1972年至1981年，马政府实行军管，废除两院制国会。马科斯政府前期（1973至75年）经济发展较快，社会矛盾有叛乱形势受到遏制，但后期马独裁加剧，全国民众抗议运动高涨。1983年8月21日，菲反对党领袖、前参议员贝尼尼奥.阿基诺（Benigno "Ninoy" Aquino Jr.）结束在美国的流亡回国时在机场遭暗杀，导致政局急剧恶化。反政府运动更加高涨。此压力下，马被迫宣布于1986年2月7日提前举行总统选举，但舞弊丑闻引发空前规模的“人民力量革命”，阿基诺夫人科拉松（Corazon "Cory" Aquino）在民众、天主教会和军队的支持下出任总统。马及其家人逃亡美国。

 科拉松政府主张发展农业、减少贫困、提倡自由经济、开源节流、争取外援，并于1987年2月颁布新宪法，恢复美国式三权分立政体及参、众两院制国会。1991年，菲政府颁布地方政府法典，确定地方各级政府结构设置、权力及职能。1992年5月，在新宪法实行后的首次大选中，前国防部长拉莫斯（Fidel V. Ramos）当选菲总统。拉执政期间在政治上积极主张民族和解，通过法案使菲共合法化，于1996年与最大穆斯林叛乱武装达成和平协议经济上积极争取国际金融机构的支持，减轻了外债压力，并取消外汇管制，吸引外资，积极倡导经济外交，撤消美军驻菲基地。拉政府前期在发展经济方面取得一定成绩，使得菲在1997年金融危机中受冲击较轻。1998年总统选举中，影星出身、曾在拉莫斯政府中任副总统的埃斯特拉达（Joseph Ejercito Estrada）以其亲贫形象高票当选总统。埃上台后虽采取了一系列廉政、扶贫及恢复经济的措施，但缺乏实效，令多数民众失望，南部穆斯林叛乱加剧，政府官员腐败劣迹昭彰。2000年11月，埃本人因受贿丑闻成为首位受到众议院弹劾的菲总统。由于参议院在审理弹劾总统案中出现执政党参议员明显偏袒总统的问题，引起民众强烈不满。在政界反对力量联手、大规模民众抗议示威和军队终于撤消支持的情况下，埃被迫撤离总统府。2001年1月20日，副总统阿罗约（Gloria Macapagal-Arroyo，前总统马卡帕加尔之女）在大法官监誓下宣誓就任菲总统。埃政府被第二次“人民力量革命”推翻。

2010年，前总统科拉松之子阿基诺三世（Benigno Simeon "Noynoy" Aquino III）当选菲第15任总统。阿基诺三世政府对内打击腐败，发展经济，并与“摩洛伊斯兰解放阵线”签署和平框架协议，对外强化美日同盟关系，向美开放多个军事基地，并推动提起“南海仲裁案”。

2016年，杜特尔特（Rodrigo Roa Duterte）当选菲第16任总统。杜特尔特政府严厉打击毒品犯罪，改善社会治安，推动基础设施建设，成立“邦萨摩洛”穆斯林自治区，对外奉行独立外交政策，主张减少对美依赖。

2022年，小马科斯（Ferdinand Romualdez Marcos Jr.）当选菲第17任总统。