中菲经贸合作发展较快。建交时，两国政府签订了贸易协定。1977年以来，中菲双方每年在北京和马尼拉轮流举行副部级贸易联委会会议，商签年度贸易议定书和安排两国间进出口主要商品，迄今已举行了23次。

　　中菲建交时，中菲年贸易额仅为7200万美元。近年来，中菲贸易发展迅速。2000年中菲贸易额31.4亿美元，同比增长37.4％，中方出口14.64亿美元，进口16.77亿美元，分别增长6.2％和84.8％。2001年两国贸易额35.66亿美元，其中中方出口16.2亿美元，增长13.5％。2002年52.6亿美元，增长47.6%，其中中方出口20.4亿美元，进口32.2亿美元，分别增长26.1%和65.4%。2003年，中菲贸易额94亿美元，中方出口30.94美元，进口63.06亿美元，同比增长78.7%,菲方顺差32亿美元。

　　2004年，中菲贸易额为133.28亿美元，同比增长41.8％。其中中方出口42.69亿美元，增长38％，进口90.59亿美元，增长43.6％，菲方顺差47.9亿美元。

　　近年来，中菲经济合作也有长足发展。1992年两国正式签署了鼓励投资及互惠保护协定，1993年又签署了经济技术合作协定。1999年两国财长签署了避免双重征税的协定。同年两国农业部长签署了两国政府间《关于加强农业及有关领域合作协定》，2001年5月中方援建的“中菲农业技术中心”在菲动工。2002年，菲来华投资协议金额3.25亿美元，实际投入1.86亿美元。我在菲承包项目21个，合同金额1.84亿美元，实际营业额0.74亿美元。截至2004年底，菲在华投资协议总金额37.43亿美元，实际投入16.45亿美元。

　　中菲农业合作发展迅速，已成为两国合作重要领域。1999年两国农业部签署《关于加强农业及有关领域合作协定》。2000年双方有关部门签署中方向菲方提供1亿美元信贷协议书。中国在菲援建的“中菲农业技术中心”2003年3月竣工。中国优良杂交稻种在菲试种成功，现已大面积播种。2004年9月，两国签署渔业合作谅解备忘录。

　　近年来，两国基础设施建设合作取得积极进展。中国机械装备（集团）公司与菲律宾北吕宋铁路公司已签署了合作建设菲北吕宋铁路的谅解备忘录及补充备忘录，中国政府就此项目向菲方提供4亿美元优惠贷款。