中菲经贸合作发展迅速。1975年建交时，两国政府签订了贸易协定。1977年以来，中菲双方每年在北京和马尼拉轮流举行副部级贸易联委会会议，商签年度贸易议定书和安排两国间进出口主要商品，迄今已举行了26次。

　　中菲建交时，中菲年贸易额仅为7200万美元。进入21世纪以来，中菲贸易发展较快。据中国海关统计，2002-2007年，中菲贸易连续6年增幅超过30%（分别为48%，79%，42%，32%，33%，31%）。2007年，中菲贸易额创历史最高纪录，达到306亿美元。2008年10月以来，受全球经济危机影响，中菲贸易额有较大下滑。2008年中菲贸易额285.8亿美元，2009年双边贸易额降至205.3亿美元，其中中方出口85.8亿美元，进口119.5亿美元。目前，中国为菲律宾第三大贸易伙伴，菲律宾为中国在东盟的第六大贸易伙伴。

　　近年来，中菲经济合作有长足的发展。1992年两国正式签署了《相互鼓励和保护投资的协定》，1993年又签署了《经济技术合作协定》。1999年两国财长签署了《避免双重征税的协定》。同年两国农业部长签署了两国政府间《关于加强农业及有关领域合作协定》。2004年，两国签署《渔业合作谅解备忘录》。2005年，中菲两国政府在马尼拉签署《关于促进贸易和投资合作的谅解备忘录》。2006年，中菲签署《关于建立中菲经济合作伙伴关系的谅解备忘录》。2007年，中菲签署《关于扩大和深化双边经济贸易合作的框架协定》。

　　截至2009年底，中国在菲累计签订劳务承包合同62.48亿美元，对菲直接投资约1.3亿美元。菲累计在华投资项目2696个，实际投资26.4亿美元。菲律宾是中国提供优惠出口买方信贷最多的国家，至今已累计承诺提供18亿美元优买信贷。2001年5月中方援建的“中菲农业技术中心”在菲动工，2003年3月竣工，中菲农业技术合作项目取得良好效果。