近年来，中菲两国教育领域交流合作日益密切，双方机制化合作文件先后签署，合作项目大量增加，人员互访愈加频繁。

    两国2009年签署《相互承认高等教育学历和学位协议》，2019年签署《菲律宾共和国高等教育委员会和中华人民共和国教育部高等教育合作谅解备忘录》（2019—2024），中国政府每年向菲提供一定数量的奖学金生名额，高等教育领域与职业教育领域校际交流活跃。2023年1月5日两国签署《中华人民共和国和菲律宾共和国联合声明》，重申持续加强教育合作的重要性，以推动两国青年和专业人士增进了解、深化共识;同意探讨商签合作开展菲律宾中小学中文教育项目的谅解备忘录、加强农业技术教育合作的谅解备忘录、高等教育合作备忘录等协议。

    国际中文教育较快发展。中文教学不仅遍及菲全国各地华校，而且在主流高校得到持续发展。至今菲亚典雅大学、布拉干大学、红溪礼示大学、菲律宾大学、达沃雅典耀大学等5所高校已设立孔子学院。孔子学院设立以来，持续为菲参议院、菲众议院、菲国家航空安全管理局、菲移民局及达沃、邦板牙省等各级各类政府部门开展中文培训和中国文化交流活动，以语言为桥，积极促进两国人文交流和民心相通。菲教育部于2011年首次在公立中学开设汉语课，中文正式作为外语课程纳入菲律宾国民基础教育体系。同年，红溪礼示大学孔子学院被确定为菲教育部“汉语教学项目”官方合作伙伴。2019年12月，菲教育部和原中国孔子学院总部在马尼拉正式签署《关于联合培养中文师范教育硕士专业本土中文师资协议》，加强菲公立中学中文师资力量。目前，全菲律宾共有15个行政大区（覆盖29个省）160所公立中学开设中文课程，2025学年菲律宾公立中学中文班学生计14000余名。